Inti dari Tokyo Magnitude adalah bercerita tentang gempa bumi berkekuatan 8.0+ skala richter yang melanda jepang.
Berawal saat musim panas, disaat Mirai dan adiknya berada di pusat pameran yang ada di Odaiba tiba-tiba gempa besar terjadi. Bangunan-bangunan runtuh, jembatan rubuh, jalanan rusak, semua orang panik karena ketakutan. Mirai dan adiknya tak berdaya saat peristiwa tersebut.
Untung saja ia bertemua dengan seorang pengendara wanita bernama Mari yang mereka temui di Odaiba. Mari akhirnya memutuskan membantu mereka untuk mempertemukan mereka dengan Keluarganya. Dari sinilah cerita mereka dimulai