Setelah konflik militer yang begitu besar, Negara-negara yang terlibat perang kini menjalankan taktik dalam bayang-bayang. Klaus, seorang mata-mata spesial yang tidak pernah gagal dalam misi apapun sampai sekarang.
Setelah ia tidak lagi terlalu aktif dalam pekerjannya, Klaus memilih membentuk sebuah tim untuk menjalankan misi paling mustahil dengan tingkat kegagalan mencapai 90%. Untuk mencapai misi ini, ia merekut banyak sekali gadis dan diseleksi dengan tingkat kesulitan tertinggi.
Hasilnya, terpilih 7 gadis cantik yakni Lily, Annett, Grete, Monika, Sara, Sibylla, dan Thea. Di bawa naungan tim Tomoshibi, inilah perjalanan Klaus melatih anggota mata-matanya sendiri.
Tonton juga kelanjutannya, Spy Kyoushitsu Season 2.