Sahashi Minato merupakan remaja yang pekerja keras & pintar. namun karena tak bisa menahan tekanan ia pun gagal dalam ujian masuk perguruan tinngi untuk kedua kalinya. Oleh karena itu ia pun dipandang rendah oleh orang orang yang ada disekitarnya.
Namun kehidupannya kini berubah semenjak ia bertemu dengan gadis cantik bernama Musubi. ternyata Musubi merupakan “Sekirei”, makhluk humanoid luar angkasa dengan kemampuan luar biasa.
Tujuan Musubi pergi ke Bumi yaitu mencari master untuk dijadikan sebagai Ashikabi. Akhirnya Musubi mencium Minato dan membuat ikatan antara mereka berdua.
Minato belum tahu bahwa tanggung jawab yang harus ia terima sebagai seorang manusia terpilih Ashikabi, dimana mereka harus bertarung dalam pertempuran dengan Ashikabi lainnya untuk bertahan hidup dalam Sekirei Project. Bahkan hal yang lebih buruk dari itu mungkin akan terjadi.