Berlatar di tanah Mistarcia, merupakan dunia yang berisi para Dewa, Iblis, dan Manusia tinggal. Seribu tahun yang lalu sesosok naga kuno Bahamut hampir saja menghancurkan dunia. Bahkan untuk menghentikannya, Manusia, Iblis, & Dewa bekerja sama untuk menyegelnya. Akhirnya Bahamut berhasil tersegel, namun karena kekuatan Bahamut yang sangat besar serta untuk menjaga perdamaian, akhirnya kunci segel pun dibagi dan Bahamut tersegel sampai sekarang.
Bercerita tentang seorang pemburu bayaran bernama Favaro Leone, hidup santai dan mengejar penjahat merupakan kegiatannya sehari-hari, saat ini Favaro sedang menjadi incaran seorang kesatria bernama Kaisar yang memiliki dendam pribadi terhadapnya.
Di tengah pelariannya, takdir baru yang besar menghampirinya, saat Favaro bertemu dengan Amira. Seorang wanita misterius yang memiliki kekuatan mengerikan saat pertama kali bertemu dengannya, ternyata ia juga memiliki sebagian kunci dari segel bahamut dan meminta pertolongan kepada Favaro.
Apa yang sebenarnya terjadi dan siapakah sebenarnya Amira?
Tonton juga kelanjutannya, Shingeki no Bahamut: Virgin Soul.