3 Tahun yang lalu, sebuah kota tiba-tiba saja menghilang beserta ratusan ribu orang yang berada disana. Tragedi tersebut dikenal dengan nama Tragedi Lost.
Bercerita tentang seorang gadis bernama Yuki, ia merupakan satu-satunya orang yang selamat dari tragedi tersebut & Takuya merupakan seorang penyelundup professional. Keduanya bertemu saat Takuya menjalankan misi untuk menyelamatkan Yuki dari organisasi yang menawannya.
Mereka berdua saat ini berniat pergi ke kota Lost karena pesan yang mereka terima dari ayah Yuki yaitu “Yuki, aku menunggumu di Lost”. Tapi untuk pergi ketempat tersebut bukanlah perkara yang mudah karena banyakanya organisasi-organisasi yang mengincar Yuki.
Bagaimanakah kelanjutannya? apa sebenarnya yang ada di Kota Lost & bagaimana tragedi mengerikan itu bisa terjadi?