Anime ini bercerita tentang sekolah sihir, yang mempelajari, mendidik, dan bertujuan agar para murid menjadi seorang penyihir yang berguna dalam masyarakat dan kehidupan mereka nantinya.
Tatsuya dan Miyuki, kedua kakak beradik bersaudara ini merupakan tokoh utama dalam kisah ini, mereka sekarang merupakan murid baru di SMA Sihir yang dimana sistem pembelajarannya dipisah oleh sekolah tersebut menjadi 2 bagian
Yang pertama “First Course” merupakan tempat yang berisi murid-murid dengan nilai yang tinggi dan terbaik atau bisa disebut sebagai ‘Bloom’.
Yang kedua “Second Course”, merupakan tempat yang berisi murid-murid dengan nilai akademik dibawah ‘Bloom’ atau yang rendah, mereka disebut ‘Weed’
Di sekolah ini, bermacam-macam masalah dan tantangan datang menghadang kedua bersaudara Tatsuya dan Miyuki ini.
Tonton juga kelanjutannya:1. Mahouka Koukou no Rettousei (Season 1)2. Mahouka Koukou no Rettousei: Raihousha-hen (Season 2)3. Mahouka Koukou no Rettousei S3 (Season 3)