Berlatar di sebuah gua yang sangat besar bernama Abyss, tempat itu merupakan satu-satunya tempat di dunia yang belum pernah dieksplorasi dan dijelajahi. Tempat yang dalam nan luas, dihuni oleh makhluk-makhluk yang misterius serta peninggalan kuno yang tidak pernah dijumpai sebelumnya.
Disini terdapat kelompok penjelajah yang bernama “Cave Raiders” yang bertujuan untuk mengeksplorasi dalamnya Abyss. Mereka menjelajah tanpa takut akan bahaya yang ada disana.
Bercerita tentang seorang anak bernama Riko, ia memiliki impian menjadi seorang Cave Raiders seperti ibunya yang kini telah tiada. Dan suatu ketika saat menjelajah Abyss ia bertemu dengan anak laki-laki yang ternyata merupakan sebuah robot.
Dari sinilah penjelajahan yang lebih dalam dimulai, bersama regu dan teman barunya tersebut.
Tonton juga kelanjutannya, Made in Abyss: Retsujitsu no Ougonkyou.