Bercerita tentang seorang remaja bernama Jin Mikuriya, sejak kecil ia memiliki sedikit kekuatan supernatural.
Berawal saat dirinya membuat sebuah patung yang berasal dari pohon suci untuk dijadikan proyek sekolah. Namun, saat hendak membawanya kesekolah, tiba-tiba saja patung tersebut berubah menjadi seorang gadis yang menyebut dirinya sebagai seorang dewi, ia adalah Nagi sang Dewi tanah.
Nagi terlihat persis seperti seseorang yang Jin temui saat masih kecil, saat itu Jin sedang memburu kumbang di sekitar kuil.
Namun, Nagi terkejut karena pohon suci yang menjadi tempat ia tinggal dulu sekarang sudah ditebang. Oleh karena itu, mulailah kehidupan barunya bersama Jin. Darisinilah cerita mereka dimulai.