Di akademi Kamome terdapat 7 misteri tentang hantu misterius, dan yang paling terkenal adalah Si Toilet Hanako-san. Di lantai tiga gedung tua, tepatnya di ruang ketiga toilet wanita. Di sana merupakan tempat Hanako-san berada. Ia dapat mengabulkan semua permintaan orang namun harus membayarnya dengan sesuatu yang berharga.
Nene Yashiro, seorang gadis kelas 1 yang ingin meminta bantuan kepada Hanako-san untuk menyelesaikan permasalahan cintanya memutuskan untuk bertemu Hanako-san dan meminta pertolongan.
Tapi tak seperti yang dibayangkannya, Hanako-san ternyata merupakan seorang laki-laki. Namun Hanako-kun tetaplah seorang hantu, karena itu ia akan mengabulkan permohonan Nene, namun pastinya ada harga yang harus Nene berikan kepada Hanako sebagai gantinya.
Tonton juga kelanjutannya:1. Jibaku Shounen Hanako-kun (S1)2. Jibaku Shounen Hanako-kun Season 2 (S2)3, Jibaku Shounen Hanako-kun Season 2 Part 2 (S2 P2)