Berlatar di Jepang pada tahun 1931, Shogun Tokugawa dan Kaisar Meiji tidak pernah lagi berkuasa. Anime ini mengisahkan Nue, organisasi algojo Shogun yang selalu menerapkan aturan berdasarkan perintah dari atasan.
Sawa Yukimura, seorang wanita cantik dan tinggal dengan adik perempuannya bernama Asahi Nakamura. Sawa merupakan gadis cantik dan menawan serta sangat suka membaca buku. Di kota tempatnya tinggal, Sawa menjalankan sebuah toko buku.
Ketika malam hari tiba, Sawa bekerja di sebuah organisasi yang menjalankan berbagai misih, mulai dari pembunuhan, penyelamatan, dan berbagai hal lainnya. Berkedok tempat penginapan, Sawan dan rekannya bakal menerima berbagai misi dari para atasan.