Anime Handa-kun merupakan prequel dari anime Barakamon, berjarak 6 tahun sebelum anime Barakamon dimulai.
Bercerita tentang seorang siswa SMA bernama Handa Sei, ia merupakan salah satu murid idola yang ada disekolahnya, kehebatannya dalam kaligrafi jepang serta ketampanan dan sifat pendiamnya membuat banyak wanita mengidolakannya, bahkan para siswa pria menganggap Handa merupakan orang yang keren dan menjadi idolanya.
Namun berbeda lagi dimata Handa, karena suatu kesalahan dan sifat penakut handa, ia merasa dirinya sedang dibully oleh murid sekolah dan para fansnya. Karena itu ia lebih memilih untuk menjauh dari mereka dan menjadi seorang penyendiri.
Namun semua usahanya tersebut selalu sia-sia karena penggemarnya datang silih berganti. Malahan sebaliknya, usaha Handa untuk menjauh malah berbalik membuat para murid lainnya menjadi tambah suka kepadanya. Tak ada yang dapat menandingi kehebatannya dimata orang lain.