Yuji Kazami, seorang tentara dari satuan militer Jepang ini menginginkan sebuah sekolah dengan lingkungan yang normal dan Mihama Academy adalah tempat yang paling cocok untuk dirinya. Pasalnya, sekolah tersebut hanya memiliki lima siswa perempuan dengan lingkungan yang mirip seperti penjara.
Setiap siswa di sekolah tersebut memiliki “masa lalu” yang membuat mereka harus mengasingkan diri di sekolah tersebut. Yuji awalnya tidak ingin terlibat dalam masalah setiap siswa tersebut, namun sebuah insiden di hari pertama membuat dirinya berada dalam masalah. Mau tidak mau, Yuji harus mencari jalan keluar untuk menyelesaikan masalah yang menimpat kelima siswa perempuan tersebu. Mampukah Yuji keluar dalam situasi sulit sembari membantu masalah siswa lainnya?
Tonton juga kelanjutannya, Grisaia no Rakuen.