Dahulu, pernah terjadi sebuah hujan meteor dahsyat yang bernama Invertia. Kejadian yang sangat besar tersebut membuat dampak besar pada dunia, elemen-elemen yang berasal dari Invertia memberi efek pada umat manusia dan berdampak pada munculnya seseorang yang memiliki mana, mereka disebut dengan Genestella.
Akibat adanya mana, teknologi kini berkembang pesat dan manusia pun menciptakan alat-alat yang dapat memaksimalkan kekuatan seorang Genestella dengan mananya. Bahkan kini didirikan sebuah pulau terapung Rikka yang berada diantara 6 sekolah elit paling terkenal yang berisikan para Genestella.
Disini bercerita tentang seorang siswa bernama Amagiri Ayato yang pindah ke Akademi Seidoukan. Salah satu sekolah elit yang bertujuan untuk melatih para murid menengendalikan mana. Disana juga terdapat sebuah kompetisi yang disebut dengan Festas dan diikuti oleh keenam sekolah tersebut yang selalu diadakan tiap tahunnya.
Ayato sendiri memiliki beberapa alasan untuk mengikuti kompetisi besar tersebut, namun sayangnya semuanya tak berjalan dengan mulus karena ada banyak gangguan di sekolahnya seperti dirinya yang terpaksa berduel dengan Julis-Alexia von Riessfeld, pertemuannya dengan teman masa kecilnya, serta Osis yang mengincar dirinya.
Apa yang sebenarnya Ayato incar disana? dan apakah yang sebenarnya terjadi antara keenam sekolah tersebut?
Tonton juga kelanjutannya, Gakusen Toshi Asterisk Season 2.