Dunia langit, tempat banyak pulau-pulau yang terapung di langit, terdapat salah satu pulau yang bernama Zinkenstill yang merupakan tempat tinggal dari seorang remaja bernama Gran dan sahabatnya Vyrn yang bentuknya mirip naga kecil.
Suatu hari Gran dan Vyrn melihat pesawat kerajaan yang meledak tak jauh dari hutan, karena penasaran akhirnya mereka pergi ke hutan dan menemukan seorang gadis. Gadis tersebut adalah Lyria yang ternyata sedang melarikan diri bersama seorang kesatria penjaga kerajaan, Katalina.
Lyria bukanlah gadis biasa, ia memiliki kekuatan tersembunyi yang menjadi incaran kerajaan. Tak berfikir lama, Gran akhirnya memutuskan untuk membantu Katalina & Lyria untuk melarikan diri. Dari sinilah kisah petualangan mereka yang baru dimulai.
Tonton juga kelanjutannya Granblue Fantasy The Animation Season 2.