Bagaimana jika para pahlawan yang dulunya saling berperang kini berada di sebuah sekolah? Gakuen Basara berlatar di sebuah sekolah modern masa kini.
Dari awal, Akademi ini sangat kacau karena OSIS Toyotomi Hideyoshi menggunakan kekuasaanya semena-mena. Namun kini masa jabatannya telah mencapai akhir. Tapi kekacauan masih saja berlanjut, karena terdapat dua kubu yang sedang bertempur untuk memperebutkan posisi ketua OSIS.
Kedua kubu tersebut terbagi menjadi 2, kubu pertama dipimpin oleh Yukimura Sanada dari klub sepak bola & kubu kedua dipimpin oleh Masamune Date.
Lantas siapakah yang akan menang dalam pertempuran memperebutkan kursi ketua OSIS?