Suatu hari, Taiju Oki telah bersiap untuk menyatakan cinta-nya kepada gadis yang sudah ia sukai sejak lima tahun lalu. Ketika ia ingin menyatakan cinta-nya, secara tiba-tiba muncul cahaya aneh yang menyinari bumi. Cahaya itu mampu menembus segala bentuk bangunan ataupun dinding dan membuat orang yang terkena cahaya tersebut menjadi batu.
Setelah Taiju terkena cahaya tersebut, batu yang ada di dirinya mulai retak dan hancur. Ia pun terkejut, pasalnya peradabannya saat itu telah banyak berubah. Bumi ini hanya di huni oleh tumbuhan dan binatang. Sampai suatu hari, Taiju bertemu dengan Senkuu. Senkuu merupakan teman sekelas Taiju yang mempunya pengetahuan di bidang sains.
Senkuu merupakan siswa jenius yang tergila-gila akan sains, ia tidak menerima fenomena ini karena tidak sesuai dengan apa yang dijelaskan oleh Sains. Hasilnya, Oki dan Senkuu memulai perjalanan mereka untuk mengetahui apa yang sebenarnya terjadi pada bumi ini.
Mereka berdua bertekad untuk membangun peradaban kembali bumi layaknya kehidupan modern seperti sebelumnya.
Tonton juga kelanjutannya:– Dr. Stone (S1)– Dr. Stone: Stone Wars (S2)– Dr. Stone: New World (S3)– Dr. Stone: New World Part 2 (S3 Part 2)– Dr. Stone: Science Future (S4)