Bercerita tentang seorang siswa SMA yang bernama Tomoya Okazaki, bagi orang lain ia terlihat seperti anak berandalan, ditambah lagi ia sering membolos dan juga dari keluarga yang tidak baik, hal itu membuat ia membenci kota tempat tinggalnya.
Suatu hari saat ia ingin pergi kesekolah, ia bertemu dengan seorang gadis bernama Nagisa, Nagisa  juga bersekolah ditempat yang sama dengannya, namun sayangnya nagisa sering tidak naik kelas (mengulang) karena kondisi tubuhnya yang sakit-sakitan.
Walaupun begitu, nagisa sangat mencintai kota tempat tinggalnya dan orang-orang yang berada disekitarnya, hal itu membuat Tomoya penasaran dan ingin mencari tahu apa yang membuat Nagisa merasakan hal tersebut.
Cerita pertemanan Nagisa dan Tomoya pun dimulai, darisinilah kehidupan mereka akan berubah drastis dari yang sebelumnya.
Tonton juga kelanjutannya disini, Clannad: After Story.