Akuyaku Reijou Level 99: Watashi wa Ura-Boss desu ga Maou dewa Arimasen bercerita tentang seorang gadis bernama Eumiella Dolkness, seorang putri bangsawan yang sejak lahir dibenci oleh banyak orang karena rambutnya yang berwarna hitam pekat. Di Kerajaan Varschein, warna Hitam pekat dapat diartikan sebagai warna Iblis dan mengundang kemalangan. Walau begitu, Eumiella tetap menjalani hidupnya dengan baik dan di usia 5 tahun ia berhasil mengingat kehidupan lamanya ketika masih di Jepang dulu.
Rupanya, Eumiella merupakan boss tersembunyi yang ada di sebuah game Otome RPG. Nah, di game Otome tersebut Eumiella mengalami nasib tragis. Guna menghindari hal tersebut, ia memutuskan untuk meningkatkan levelnya menjadi 99 agar terhindar dari nasib yang sangat tragis.