Kohane Hatoya merupakan gadis normal yang ceria dan sering membantu orang lain, namun setelah lulus SMP ia merasa ingin melakukan sesuatu di kehidupan remajanya ini. Dirinya pun tertarik dengan pemandu sorak dan merasa kagum setelah melihat sekelompok cheerleader sedang tampil menyoraki sebuah pertandingan.
Karena itu setelah dirinya memasuki SMA, Kohane berniat untuk bergabung kedalam klub pemandu sorak. Namun saat itu juga ia kecewa karena ternyata tak ada klub tersebut disekolahnya. Walaupun begitu Kohane tidak menyerah, ia bertekad untuk membentuk sendiri klub pemandu soraknya sendiri disekolah barunya.
Kohane mencari teman lamanya yang dulu juga merupakan mantan pemandu sorak saat SMP, Uki dan Hizume. Ia pun harus mencari beberapa anggota lain agar mereka bisa segera membuat klub tersebut. Dari sinilah cerita Anima Yell! dimulai.