Hingga Tahun 2039 merupakan tahun yang kelam bagi Umat Manusia, krisis berkepanjangan hingga saat ini. Setelah daratan yang manusia tinggali kini telah tenggelam karena pemanasan Global,  Manusia pun kini mengandalkan lautan sebagai tempat utama.
Suatu hari, muncul angkatan laut yang tidak diketahui sama sekali darimana datangnya dan apa tujuan mereka, mereka adalah Fleet of Fog. Pasukan tersebut bahkan memaksa mundur manusia kembali kedaratan, memblokade seluruh jalur perdagangan dan umat manusia terisolasi dari dunia luar.
Kapal-kapal itu mencegah semua negara berkomunikasi dan memblok semua transportasi laut hingga membuat negara yang bertahan terisolasi.
Setelah sekian lama muncul setitik harapan muncul saat Chihaya Gunzou (kapten kapal selam I-401) didatangi oleh seorang gadis bernama Iona.
Iona merupakan artificial intellegence dari submarine I-401 Fleet of Fog, Iona hanya memiliki sebuah perintah yaitu “Bertemu dengan Chihaya Gunzou, dan patuhilah semua perintahnya”.
Kombinasi mereka berdua kepandaian dan kekuatan yang mampu melawan Fleet of Fog di pertempuran adalah awal yang menjadi harapan untuk menyelamatkan umat manusia.