Bagi sebagian orang, menjadi pahlawan adalah sebuah pekerjaan yang hanya dilakukan oleh orang-orang sampah. Berlatar pada abad ke-21, di dunia bawah tanah Tokyo telah dikuasai oleh mafia yang kini menjadi Raja Iblis setelah mereka menjalani operasi Aether.

Maka dari itu, lahirlah para pemburu yang bertugas untuk mengalahkan Raja Iblis. Mereka yang bertugas dikenal dengan sebutah pahlawan. Setiap pahlawan yang ingin melawan Raja Iblis harus menggunakan obat yang dikenal dengan E-3.

Yashiro, salah satu orang yang bekerja sebagai pahlawan ini didatangi oleh gadis SMA bernama Jougamine. Ia mengaku sebagai murid dari Yashiro. Mau tidak mau, ia pun menerima gadis tersebut dan melibatkannya dalam berbagai kejadian.