Bercerita tentang kehidupan normal seorang anak bernama Kasuga Arata yang sekarang tinggal bersama dengan sepupunya Hijiri, keseharian mereka terasa begitu damai dan normal di kota kecil tempat tinggal mereka. Namun semua itu berubah dikala sekarang Arata melihat matahari hitam di langit dan perubahan yang terjadi pada Hijiri yang biasanya dia kenal, Hijiri bersikap aneh.

Ditambah lagi datang seorang Gadis yang bernama Asami Lilith memegang sebuah senjata laras panjang yang menyebutkan kalau dunia sekarang yang mereka tempati merupakan sebuah ilusi yang diciptakan oleh sebuah grimoire yang dimiliki oleh Arata. Dunia yang sebenarnya mereka tempati telah hancur dan Hijiri yang sebenarnya telah meninggalkannya, peristiwa yang disebut “Houkai Genshou” itulah yang menyebabkannya.

Grimore yang dimiliki oleh Arata sekarang merupakan peninggalan dari Hijiri yang dibuat untuk menyelamatkan Arata dari kejadian yang telah lalu. Sekarang penyihir Asami lilith yang ditugaskan oleh Ouritsu Biblia Gakuen mengajak Arata untuk pergi kesekolah tersebut yang bertujuan mengajari Arata untuk mengenal lebih jauh lagi tentang sihir dan membuat Arata menjadi kandidat Raja sihir karena suatu alasan.

Dan cara untuk mewujudkan hal tersebut dapat dipercepat dengan mengumpulkan dan mempertemukan Arata dengan 7 penyihir yang memiliki bakat dan kemampuan tingkat tinggi di bidangnya masing-masing, Mereka disebut dengan Trinity Seven. Bagaimanakah kisah selanjutnya Arata dalam menjalani kehidupannya?