Steins Gate Zero merupakan cerita alternative dari Steins;Gate.

Okabe Rintarou yang tak tahan lagi dengan takdirnya yang selalu gagal untuk menyelamatkan orang yang ia cintai selalu saja gagal dan mendapatkan hasil yang sama. Akhirnya Okabe pun memutuskan untuk menyerah dan mencoba melupakan tentang masa-masa kelamnya tersebut, mencoba lari dari kenyataan dan memulai awal baru.

Namun hal tersebut nampaknya terlihat mustahil karena bayang-bayang masa lalunya yang terus saja menghantui dirinya yang gagal untuk menyelamatkan kurisu & shiina.

Hingga suatu hari, saat Okabe mengikuti seminar dan bertemu dengan para senior Makise Kurisu. Mereka menyebutkan tentang sebuah penemuan yang dapat menyimpan ingatan seseorang dan dapat merubahnya sebagai simulasi karakteristik & kepribadian seperti mereka. Parahnya lagi, Senior tersebut menyebutkan bahwa ia telah menyimpan ingatan Kurisu dalama alat tersebut dan merubahnya menjadi AI.

Sekali lagi, Okabe pun terpaksa untuk merasakan mimpi buruk untuk kesekian kalinya.