Seri ini mengambil latar cerita dari gamenya untuk episode 1-3. Sisanya akan menampilkan cerita orisinil dari sang sutradara.

Anime ini menceritakan tentang sebuah ruangan yang dikenal dengan nama Oracle. Untuk memasuki ruangan tersebut, manusia harus menggunakan Photons agar bisa melintasi alam semesta dan mencari planet baru. Walau demikian, manusia harus tetap menekan ancaman yang disebabkan oleh Darkers, makhluk asing yang diciptakan oleh para penjahat yang dikenal dengan nama Dark Flaz.

Oracle sendiri terbadi kedalam segmen Motherhip, sebuah inti yang menampung pusat armat serta pesawat ruang angkasa dan juga Departemen Eksplorasi serta Militer yang dikenal dengan nama ARKS. ARKS ini sering dikirim untuk menyelediki berbagai aktivitas di tiga planet, yaut Naberius, Lilipa, dan Amduscia. Bersama organisasi tersebut, mereka mulai membangun kembali Oracle sebagai pusat terkuat.