Mengisahkan seorang murid wanita bernama Medaka Kurokami. Ia merupakan seorang gadis dengan sifat karismatik serta berpenampilan menarik. Saat ini, Medaka tengah bersekolah di Hakoniwa Academy. Menariknya, ia berhasil menjadi seorang ketua OSIS di tahun pertamanya.

Selama menjabat sebagai ketua OSIS, ia membuat sebuah kotak saran dengan benatuan temannya bernama Zenkichi Hitoyoshi. Di OSIS, ia dibantu dengan Kouki Akune dan Mogana Kikaijima. Suatu hari, Medaka menyadari bahwa pimpinan sekolah tengah merencanakan sesuatu yang berbahaya.

Sekarang, bagaimana cara Medakan menghadapi masalah ini? Mampukah ia menyelematkan seluruh murid dari ancaman yang berbahaya?

Nonton juga kelanjutannya, Medaka Box Abnormal.