Dunia kini telah berbeda dari sebelumnya, serangan monster yang mengancam kehidupan manusia yang disebut dengan “Kabane” kini telah menyebar luas, Kabane merupakan monster yang hanya dapat dikalahkan dengan cara menghancurkan jantungnya secara langsung, hal yang suit membuat Kabane susah dibunuh karena adanya lapisan besi yang terdapat di jantung mereka.

Mereka menyerang dengan menggigit secara langsung dan akan membuat orang yang tergigit kemudian terinfeksi dan merubah mereka menjadi kabane, mirip seperti zombie.

Untuk perlindungan diri, kini umat manusia membangun stasiun untuk menghindari serangan dari para monster,  setiap stasiun terhubung dengan stasiun lainnya dan cara untuk berpergian hanyalah menggunakan “Hayajiro”, Hajiro mirip seperti kereta besi yang didesain khusus untuk menahan seranagan para kabane.

Bercerita tentang seorang anak yang bernama ikoma, ia kini tinggal dan bekerja di Aragane yang bertugas membantu pembuatan Hayajiro, tak cuman itu, dirumahnya ia sering membuat senjata dan sekarang ia sedang membuat senjata baru yang ia sebut dengan Tsuranukizutsu didesain untuk menembus besi yang terdapat di jantung kabane.

Namun pada malam hari telah terjadi serangan di Aragane yang membuat banyak orang telah terinfeksi dan merubah mereka menjadi kabane, Ikoma yang melihat langsung kabane memiliki rencana untuk membunuh kabane dengan menggunakan senjata barunya, hebatnya senjata tersebut mampu menembus jantung besi dan membunuh para monster kabane, sayangnya saat percobaan tersebut ikoma telah tergigit dan terinfeksi.

Ia memikirkan cara bagaimana agar infeksi tersebut hilang dan langsung melakukan percobaan terhadap tubuhnya, hal tersebut berhasil dan kini ia tidak menjadi kabane dan juga bukan manusia lagi, tubuhnya telah bercampur dengan Kabane dan Manusia, yang sekarang mereka sebut dengan “Kabaneri”.