Kyoukai no Kanata awalnya bercerita tentang seorang siswa SMA biasa bernama Akihito Kanbara, mungkin jika dilihat sekilas tidak ada yang menonjol darinya seperti kebanyaka siswa biasa dan ia juga tidak suka untuk mencampuri urusan orang lain.

Namun sebenarnya Akihito adalah manusia setengah youmu yang membuat dia kebal terhadap serangan dan luka serta mempunyai regenerasi yang sangat cepat membuat ia kekal terhadap berbagai macam serangan.

Suatu hari ia melihat seorang gadis yang terlihat hendak bunuh diri di atap sekolah, gadis tersebut bernama Kuriyama Mirai. Dengan sigap Akihito langsung menuju gadis tersebut dan membujuknya untuk tidak bunuh diri.

Diluar dugaan Kuriyama ternyata adalah seorang Ikaishi. Gadis tersebut berbalik menuju ke arah Akihito dan tiba-tiba menusuknya dengan pedang merah yang terbuat dari darahnya. Namun Kuriyama terkejut karena kekuatan regenerasi Akihito yang sangat cepat yang membuatnya selamat dari kejadian tersebut.

Sejak dari itu Kuriyama kini menjadi stalker Akihito dan membuatnya menjadi tempat latihan yang ganas. Disinilah kehidupan Akihito diganggu oleh Kuriyama dimulai dengan takdir yang membuat mereka terseret masalah yang lebih besar karena masa lalu mereka.