Suatu hari, sebuah makhluk raksasa yang dikenal dengan nama Dragon tiba-tiba muncul dan menghancurkan tatanan dunia. Ketika keadaan semakin rumit, beberapa gadis di dunia mendapatkan kekuatan yang mirip dengan para Dragon.

Gadis-gadis ini akhirnya dimasukkan ke dalam organisasi dan dipanggil dengan sebuta Type Dragon atau D. Di sekolah khusus Midgar, mereka dilatih untuk mengawal dunia dan menghancurkan para Dragon yang ada saat ini.

Kisah pun berpusat, Mononobe Yuu, seorang pemuda yang dikirim ke pasukan NIFL ke Midgar. Di sekolah tersebut, kehidupan Yuu mulai mengalami perubahaan.