Tingkat Kejahatan di Jepang semakin memburuk membuat pemerintah membuka sebuah akademi elit yang mengajarkan para siswanya untuk berlatih keterampilan menjadi seorang Detektif (Butei) Bersenjata dengan harapan mereka akan menjadi sosok agen keadilan bayaran.

Bercerita tentang seorang siswa dari Akademi Butei yaitu Tooyama Kinji, Seorang siswa yang anti sosial yang dulunya merupakan pelajar dari Divisi Assault yang mengajarkan tentang pertempuran. Namun Kinji sekarang berubah dan hanya menjalani kehidupan sehari-harinya yang santai dan normal tak lagi berfokus pada pertempuran.

Namun hari-hari Kinji yang normal berakhir setelah ia menjadi target dari seorang Pembunuh Butei yang terkenal, namun ia diselamatkan oleh seorang butei bernama Aria Holmes Kanzaki, Peristiwa itulah awal pertamanya Kinji bertemu dengan Aria. Aria memutuskan untuk menjadikan Kinji sebagai partnernya untuk membuat Kinji berubah agar benar-benar mampu menjadi apa yang seharusnya ia lakukan.

Tonton juga kelanjutannya, Hidan no Aria AA.