Seri lanjutan setelah Trilogi Grisaia, Phantom Trigger menceritakan para siswa Akademi Mihama yang menjalani kehidupan mereka setelah mengerjakan misi berbahaya. Kali ini, Akademi Mihama kedatangan siswa baru bernama Sengoku Taiga, anak dari keluarga Sengoku. Ternyata, Taiga merupakan guru dari Rena Fukami.

Kehidupan para siswa di Akademi Mihama berjalan cukup normal. Mereka semua menjalani hidup sambil memikirkan bagaimana menyelesaikan masa lalu mereka hingga suatu hari terjadi insiden Ledakan di gunung Kitaoka.