Darker than Black: Kuro no Keiyakusha bercerita tentang seorang gadis bernama Suou Pavlichenko, ia berteman dekat dengan sahabatnya yakni Akulo Tanya, setelah lama berteman Sou baru menyadari tanya adalah seorang Contractor dengan kekuatan mengendalikan kecoa dan sekarang Tanya yang telah masuk sebuah organisasi rahasia.

Sou kini bingung entah apa yang terjadi sebenarnya, kediaman mereka diserang oleh organisasi dan ayahnya meninggal pada peristiwa tersebut. Saat kejadian tersebutlah ia bertemu dengan Hei, dan Hei pun menyelamatkan sou pada insiden tersebut.

Kini Hei tinggal bersama Sou, Hei dengan keras melatih Sou agar dapat menjadi Contractor yang tangguh dan menguak misteri tentang apa yang terjadi sebenarnya.