Bumi telah hancur dan berakhir karena eksploitasi yang berlebihan, namun sebelum semua manusia musnah, seseorang misterius berinisial “Y” menanamkan suatu benda dan mengubah seluruh bumi menjadi mesin layaknya jam yang digerakkan dengan rangkaian roda gigi.

Seribu tahun telah berlalu, benda tersebut telah bekerja tanpa henti namun karena beberapa alasan benda tersebut harus mendapatkan pemeriksaan jika tak ingin hancur.

Bagaikan takdir, seorang remaja jenius bernama Miura Naoto bertemu dengan automata ciptaan Y. Tak henti sampai disitu ia juga bertemu dengan jenius meister jam termuda Bell Breguet Marie serta pengawal setianya Halter Vainney dan akhirnya mereka semua bekerja sama.

Dari sinilah kisah mereka dimulai, menemukan masalah yang harus diselesaikan dan menyelamatkan planet mereka yang berada di ambang kehancuran.