Dua dunia, salah satunya merupakan tempat gadis pengembara dengan rambut hitam legam, pakaian yang semuanya serba hitam dengan sedikit gambar bintang dan mata bersinar berwarna biru. Ia bernama Black Rock Shooter.

Namun di sisi lain, ia hanya seorang siswi SMP yang bernama Kuroi Mato. sebuah kisah yang berawal dari “rasa sakit” mereka.

Kisah tentang seorang gadis bernama Mato Kuroi, tanpa ia sadari di beberapa malam kadang ia memimpikan seorang perempuan dengan jubah hitam, mata sebelah kirinya yang memancarkan api biru, dan sebuah meriam di tangannya.

Pada suatu saat ia bertemu seorang siswi yang satu sekolah dengannya, bernama Yomi Takanashi. Kato pun memutuskan akan bergabung dengan klub Basket dan Yomi sendiri bergabung dengan klub Seni. Setelah pulang sekolah mereka berdua bertemu dan saat Yomi melihat gantungan kunci dengan bentuk burung kecil yang berwarna warni, Yomi tertarik dengan Mato, karena Yomi suka dengan sesuatu yang berhubungan dengan burung kecil.

Disinilah awal persahabat dan juga cerita mereka dimulai