Dulu, Ninja menjadi pekerjaan yang paling menjanjikan bagi orang-orang. Namun, setelah perang para Ninja dibubarkan oleh GHQ. Walau begitu, saat ini masih ada beberapa ninja yang menyembunyikan keberadaan mereka.

Beberapa Ninja juga bekerja si balik layar dan mengurusi berbagai masalah tingkat tinggi. Namun, untuk beberapa Ninja pinggiran seperti Kurou Kumogakure, ia justru hanya hidup sehagai pengangguran.

Suatu hari, Kumou mendapatkan sebuah misi yang sangat susah. Mampukah ia menyelesaikannya?