Anime ini menceritakan tentang sekelompok anak jenius. Bersama-sama mereka menciptakan superhero impian mereka sendiri melalui videogames, namun berselang beberapa lama mereka menyadari kalau superhero ciptaan mereka telah dirasuki oleh seseorang dari dimensi lain bernama Gridman.

Suatu insiden terjadi, Yuuta terbangun dengan keadaan lupa ingatan, seketika ia juga mendengar sesuatu yang hanya dapat didengar olehnya dan melihat apa yang sebelumnya tak pernah ia lihat.

Suara dari komputer temannya, Rikka. Memberitahu Yuuta akan seseuatu “ingatlah identitasmu”. Setelah itu, Yuuta melihat monster tak bergerak yang jauh disana. Ini adalah hal aneh yang baru ia rasakan pertama kalinya. Dan setelah itu Yuuta ditarik ke dunia digital, dan akhirnya kembali lagi sebagai superhero kolossal, Gridman!

Tujuan Gridman ialah membasmi program jahat yaitu “Kahn Digifer”. Gridman dan Yuuta bergabung untuk mencegah monster jahat menyerang umat manusia.