Menceritakan kisah Higan, seorang mantan ninja yang memutuskan kabur dari klannya, atau yang biasa disebut Nukenin. Dengan identitas baru sebagai Joe Logan, dia bersembunyi di sebuah desa kecil di Amerika bersama istri dan anaknya, berusaha melupakan masa lalu kelam yang penuh kekerasan. Meski begitu, kehidupan tenang yang mereka impikan ternyata sulit tercapai. Higan terus diburu oleh klan lamanya yang mengirim pembunuh untuk menuntut balas atas pengkhianatannya.

Hingga pada suatu hari, hal yang paling mereka takutkan terjadi. Klan itu akhirnya menemukan tempat persembunyian Higan dan menyerang mereka, tepat setelah pesta ulang tahun anaknya. Sayangnya, tak ada yang bisa selamat dari serangan itu, termasuk Higan. Namun, keajaiban terjadi, dan Higan bangkit kembali. Dengan penuh amarah, dia meninggalkan identitas palsunya dan bersumpah akan membalas dendam atas kematian keluarganya serta menghancurkan klannya.