Mekakucity Actors Bercerita tentang seorang pemuda Hikikomori bernama Shintaro Kisaragi, kesehariannya hanyalah mengurung diri dirumah ditemani oleh seorang gadis bernama Ene.

Berbeda dengan gadis perempuan lainnya, Ene hanyalah sebuah program komputer yang dikirim oleh seseorang misterius melalui email. Ene seperti Android, pemikirannya seperti manusia biasa, ia dapat berfikir sendiri namun dirinya hidup dalam program.

Suatu hari Shintaro terpaksa pergi keluar dari rumahnya tepat ditanngal 14 Agustus untuk membeli suatu barang walau ia sendiri sangat enggan untuk keluar dari rumahnya, hal yang umum bagi seorang Hikikomori.

Di tanggal tersebut ia mengalami kejadian aneh yang terjadi antara 14 & 15, tepat dimana ia bertemu dengan sekelompok orang misterius yang dipanggil dengan “Mekakushi Dan”. Anggota-anggota yang memiliki kekuatan spesialnya masing-masing.

Kini Shintaro bersama dengan Mekakushi Dan mengupas misteri yang terjadi antara tanggal 14 & 15 Agustus tersebut.