Takakura Himari merupakan anak bungsu dari keluarga Takakura, saat ini ia mengidap suatu penyakit dan dokter telah memvonis dirinya tak dapat hidup lebih lama lagi. Keluarga mereka diliputi oleh kesedihan yang mendalam.

Oleh karena itu, kakak Himari yaitu Shouma dan Kanba mulai mendekatkan diri kepada Himari dengan mengajaknya pergi jalan-jalan, melakukan sesuatu yang dia inginkan, dan berbagai macam hal lainnya. Hal tersebut mereka lakukan untuk membuat Himari sebisa mungkin menikmati sisa hidupnya.

Dan waktu akhirpun sampai, tepat saat mereka membawa himari di sebuah Akuarium, Himari menghembuskan nafas terakhirnya dan dinyatakan meninggal. Namun suatu keanehan terjadi saat berada di rumah sakit, Himari tiba-tiba saja bangkit dan meneriaki “Seizon Senryaku!”. Ternyata Himawari kini sedang dirasuki oleh roh yang berada di topi penguinnya.

Berkat hal tersbut, Himari dapat terselamatkan. Namun sebagai bayaran dalam memperpanjang jangka hidupnya, roh tersebut memerintahkan kepada kakak Himari yaitu Shouma dan Kanba untuk melakukan sebuah tugas, yakni menemukan benda yang disebut dengan Penguindrum. Mereka juga dibantu oleh 3 Penguin aneh.

Dari sinilah cerita mereka dimulai.