Riki Naoe, remaja ini mengalami sebuah tragedi dimana kedua orang tuanya meniggal. Dirinya yang sangat depresi karena kehilangan kedua orang tuanya diselamatkan oleh sekelompok anak yang menamai dirinya Little Busters!

Riki pun bergabung kedalam kelompok itu. Riki lama kelamaan sudah melupakan kesedihannya semenjak bergabung dalam kelompok itu. Ceritanya pun berlanjut saat mereka sudah SMA, misinya pun yang selalu memberantas kejahatan sudah memudar. Little Busters! terdiri dari 5 anggota, yakni Riki Naoe, Natsume Kyousuke, Natsume Rin, Masato Inohara, dan Miyazawa Kengo.

Kelompok ini yang sudah tidak memiliki kegiatan lagi memutuskan untuk membuat sebuah grup baseball di sekolahnya. Tapi karena anggotanya tidak mencukupi, Riki pun bertugas untuk mencari pemain tambahan lainnya.

Riki juga mendapatkan misi yang sangat aneh yaitu, Riki harus menyelesaikan sebuah misi yang diberikan oleh kucing. Dan setiap dia menyelesaikan misinya itu, pengirim surat akan memberitahukan rahasia dunia.

Tonton juga kelanjutannya, Little Busters!: Refrain.