Pada saat pembangunan bendungan Kurobe di Jepang, ditemukan beberapa artefak kuno misterius yang tak diketahui asalnya. Oleh karena itu, para peneliti dari berbagai negara datang berkumpul untuk mempelajari artefak tersebut. Bahkan PBB akhirnya mendirikan laboratorium tepat diatasnya guna untuk memfasilitasi para ilmuwan dalam melakakukan penelitian.

Artefak tersebut adalah robot raksasa serta Kubus hitam misterius. Sayangnya, sampai saat ini para peneliti tetap saja tak bisa mendapatkan info & fungsi dari benda tersebut. Sementara itu, anak dari para peneliti disekolahkan di SMA Internasional Tateyama.

Suatu hari Yukina Shirahane, putri dari kepala peneliti laboratorium PBB mengunjungi ibunya ke di tempat kerja. Disana ia belajar dari teka-teki yang diteliti oleh ilmuwan. Namun suatu insiden mengerikan terjadi. Tiba-tiba saja makhluk asing yang berasal dari luar angkasa berhasil mendaratkan pasukannya di bumi. Dan sebagian dari mereka mendarat tepat di dekat laboratorium PBB.

Sontak pertempuranpun terjadi. Robot-robot asing tersebut mencoba menginvasi bumi dan melawan pasukan PBB. Di tengah pertempuran tersebut, salah satu artefak kubus hitam yang berada di laboratorium secara spontan hidup dan mengeluarkan seseorang samurai yang diketahui berasal dari zaman sengoku, Kennosuke Tokisada Ouma.

Ternyata makhluk misterius tersebut pernah mencoba menginvasi bumi ratusan tahun yang lalu, kini Kennosuke dan umat manusia sekali lagi harus bertempur dengan makhluk asing yang berasal dari luar angkasa.