Berawal dari kedatangan makhluk bernama Zai yang tiba-tiba datang menyerang bumi. Untuk melawan mereka, manusia menciptakan pesawat tempur yang diberi nama “Daughters” sekaligus mekanisme tempur otomatisnya yang bernama “Anima” yang menjadi kunci untuk memenangkan pertempuran melawan Zai.

Anima merupakan robot automata yang berbentuk menyerupai sesosok gadis manusia. Dan salah satu kartu andalan dari umat manusia yaitu seorang anima bernama Gripen. Serta seorang pria bernama Kei Narutani yang terlibat bersama Gripen.

Dari sinilah cerita dimulai…